Sie scheitern, das Verhalten von einzelnen Bakterien vorherzusagen

Blue Waters Supercomputer und ein Computermodell von der Univ. Von Kalifornien helfen nun die Ergebnisse von Experimenten vorherzusagen.

Die Reaktionen von lebenden Zellen sind eine Folge der komplexen Wechselwirkung vieler Gene, Enzyme und Proteine, so vorherzusagen versucht, kann als eine unmögliche Aufgabe antojarse. Oder zumindest, die vor der Ära von Algorithmen und Supercomputern zu erwarten. Aus diesem Grunde hat eine Gruppe von Forschern an der University of California wurde ein Computermodell zu entwickeln, an der Arbeit der Lage, die Vorhersage das ‚Verhaltens‘ eine einzelnen Zelle von Escherichia coli, ein Bakterium, das in unserem Darm lebt und von grundlegender Bedeutung ist für das reibungslose Funktionieren des Verdauungsprozesses.

Dazu hatten die Forscher eine noch nie dagewesene Simulation in Bezug auf das Volumen der Daten starten beteiligt: ​​über 4.389 Profile von Gen- und Proteinexpression durch 649 verschiedene Bedingungen. Techniken des maschinellen Lernens wurden verwendet, um verschiedene Ebenen der Datenverarbeitung zu integrieren und in zwei der dreijährigen Laufzeit des Projekts investiert. Blue Waters Super National Center for Supercomputer Applications, einer der mächtigsten in der Welt, wurde das Modell den Cluster-Computer Univ. Of California bauen gewählt.

Das Modell könnte die Grundlage für eine schnelle und preiswert sein, die Reaktionen von Mikroorganismen in bestimmten Experimenten Verfahren zur Vorhersage. Soweit Genauigkeit angeht wäre es nicht so effektiv sein, wie sie machen, natürlich, würde aber den Wissenschaftlern helfen, ihre Hypothesen zu entwickeln. Darüber hinaus haben die Verantwortlichen für diese Forschung entschieden, dass sowohl der Datensatz als Computermodell zu anderen Forschern zur Verfügung stehen verwendet.

Der Teamleiter, Professor Ilias Tagkopoulos Computer, hofft, ähnliche Modelle auf andere Bakterien anzuwenden, im Gegensatz zu E. coli ist in der Entwicklung der Krankheit beteiligt ist. „Wir leben interessant an der Schnittstelle von Informatik, Ingenieurwesen und Biologie Zeiten“, erklärt er.

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